Metody wewnętrzne, które służą do pomiaru temperatury wewnątrzustrojowej, obejmują pomiar ciepłoty ciała.

Pomiar ciepłoty ciała w odbycie, w ustach oraz w przewodzie słuchowym zewnętrznym to metody wewnętrzne, które zazwyczaj dostarczają najdokładniejszych informacji o temperaturze wewnątrzustrojowej. Pomiar w odbycie jest najczęściej stosowany w przypadku niemowląt i małych dzieci, gdyż zapewnia najwyższą precyzję odczytu. Metoda ustna jest powszechnie używana wśród dorosłych, ale może być mniej dokładna, jeśli pacjent nie stosuje się do zasad pomiaru, takich jak niejedzenie ani niepicie przed pomiarem. Pomiar w przewodzie słuchowym zewnętrznym, choć mniej powszechny, również oferuje wysoką dokładność i jest szczególnie przydatny w szybkich ocenach stanu zdrowia. Wybór odpowiedniej metody pomiaru powinien być uzależniony od wieku pacjenta, ich stanu zdrowia oraz sytuacji klinicznej. Przykłady zastosowań obejmują monitorowanie pacjentów w warunkach szpitalnych, diagnostykę infekcji, czy też ocenę stanu zdrowia w sytuacjach kryzysowych. Zgodnie z wytycznymi Światowej Organizacji Zdrowia (WHO), pomiar temperatury powinien być przeprowadzany w sposób ustandaryzowany, aby zapewnić porównywalność wyników.